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要根据菌落的形态及镜下结构。
青霉菌属(Pen．cillium)和曲霉菌属(Aspergillus)
1．此类菌是实验室最常见的污染菌，少数是致病菌（如马尔菲尼青霉菌），有一些是条件致病菌。因此，临床上分离出此类真菌，在确定其临床意义时应多方面考虑。
2．青霉菌常继发于白血病、淋巴瘤等，可引起呼吸道及肺部感染，青霉菌可在肺组织内形成分枝、分隔菌丝，呈放射状生长，能侵犯血管引起栓塞或出血症状。青霉菌也可因变态反应引起过敏性鼻炎及哮喘。许多种青霉菌还可产生真菌毒素，引起人和动物的真菌中毒症。马尔菲尼青霉菌(P.mameffei)是其中唯一已知的人和动物致病菌（见双相真菌部分）。
3．曲霉菌广泛地分布于自然界，属条件致病菌，引起的疾病统称为曲霉菌病。目前，在免疫力低下患者的条件性系统性真菌感染中，发病率仅次于念珠菌，其中又以烟曲霉菌最为常见，是肺曲霉菌的主要病原菌。在宫颈癌高发县徽县，从**分泌物中分离出曲霉菌。曲霉菌引起的疾病主要有直接感染、变态反应、曲霉菌毒素中毒等。根据感染途径、临床表现的不同，曲霉菌病有多种形式，如眼曲霉菌病、过敏性支气管曲霉菌病、侵袭性曲霉菌病、系统性曲霉菌病等。黄曲霉菌、寄生曲霉菌、杂色曲霉菌等可产生毒素，可致癌（如黄曲霉毒素B1可致肝癌、肺癌），或可引起中毒性白细胞减少症等。
接合菌(Zygomycota)
接合菌是真菌中的一个门，种类众多，引起的疾病统称为接合 菌病，主要由其中的毛霉科的毛霉(Mucor)、根霉(Rhizpus)、犁头 霉(Absidia)引起。
毛霉菌属(or)是毛霉菌目，毛霉菌科中最大的一个属，广泛存在于自然界中，常引起食物的霉坏，是人类接合菌病的条件致病菌。对于有慢性消耗性疾病如糖尿病、淋巴瘤、白血病或器官移植期应用化疗、激素、抗生素、免疫抑制剂等药物治疗的患者有较大的侵袭力。临床常见的是眼眶及中枢神经系统的毛霉菌病，也可见到肺部、胃肠道、皮肤黏膜及全身播散性毛霉菌病。根据侵犯人体的部位不同分为5型：脑型（或称鼻脑型）、皮肤型、肺型、胃肠型、全身型。很容易引起死亡，应予高度重视。根霉菌属容易侵入鼻黏膜及其下面的组织，引起局部蜂窝组织炎改变，易侵犯血管，引起栓塞。可侵入脑组织中，引起脑的病变。
暗色孢科(Dematiaceae)
1．暗色真菌(Dematiaceous fungi》为一组真菌，因其在培养基上能产生黑色素形成暗色菌落而得名。暗色真菌通常通过伤口进入皮肤，其临床致病特征为形成疣状结节、斑块、溃疡，发展缓慢，最后形成明显的**瘤状赘生损害，患者很少感到疼痛。较典型的两个特征是：皮损边缘清楚；周围由于自身接种可有卫星损害。病变通常局限于一侧肢体的某个部位，但随病变发展最后可侵及整个肢体，也可经淋巴和血行播散至其他部位。
2．本病主要集中在热带地区，但在世界范围内都有散发。我国目前仅发现裴氏着色真菌、皮炎瓶真菌、疣状瓶真菌和甄氏外瓶真菌等能引起人体暗色真菌感染症。裴氏着色真菌和紧密着色真菌可引起皮肤着色真菌病。临床上以疣状或**瘤状病损为主要特征。本病常可从淋巴播散，极少数血行播散至脑。转变为系统性暗色丝孢霉病。疣状瓶真菌可以从树皮土壤等处分离出来，并已证明是致病菌，可能是通过皮肤外伤或微小伤口进入体内引起感染。引起人的皮肤着色真菌病也有引起血行播散的报道，但极罕见。甄氏外瓶真菌可以引起皮下组织暗色丝孢真菌病，也常引起足菌肿，偶可引起角膜炎。卡氏枝孢菌能引起皮肤着色真菌病，也可引起皮下组织暗色丝孢真菌病。
镰刀菌属(Fusariunl)
镰刀菌属是常见的污染粮食和饲料的真菌，在一定的环境条件下能产生毒素，可引起人和家畜中毒。镰刀菌可因外伤引起角膜真菌病、真菌肉芽肿如足菌肿、甲真菌病或创伤感染。最近，在免疫力低下的病人中，镰刀菌感染逐渐增多，深部感染及系统性感染都可发生。
球孢子菌属
本属只有一个种即粗球孢子菌与临床疾病有关（见双相真菌部分）o球孢子菌病是由粗球孢子菌所引起的全身性最富于感染性的深部真菌病。
双相真菌
马尔菲尼青霉菌(Penicillium.marneffei)
是青霉菌属中唯一的双相型真菌。25℃时培养呈青霉相，37℃时呈酵母相。感染人类可引起皮肤结节、皮下脓肿及周围淋巴结肿大。该菌引起的深部真菌病可累及多个系统，常见于青壮年，起病急，病情凶险，不及时治疗预后不良。我国多发于广西地区。随着免疫抑制患者的增多及交往的增加，其他地区也有散发的可能。
粗球孢子菌(Coccidioides immitis)
在土壤及28℃培养时呈丝状菌落，在动物组织及37℃体外生长时则呈生孢子的圆形菌体。可引起人和动物的原发性皮肤感染，以及继发肺、脑膜、皮肤、脾脏、骨骼、肌肉、肾上腺、肾脏和生殖器等感染，多发于北美地区。生活在流行区的人，大多数会被感染，表现为原发性球孢子菌病，多为急性、良性、自限性的呼吸器官疾病，有自愈倾向。但少数可发展为进行性球孢子菌病，此时，则成为慢性、恶性、播散性球孢子菌病，可以侵袭皮肤、内脏和骨骼，严重者可以致命。
荚膜组织胞浆菌(Histoplastum)
又称小孢子型组织胞浆菌。本菌在寄生时呈圆形小体，周围有一层荚膜。这种小体常存在于网状内皮组织内。此菌可引起深部真菌病，主要侵犯网状内皮系统和淋巴系统，但也侵犯皮肤和黏膜，以及其他内脏和肺等器官，为慢性肉芽肿性感染，称为组织胞浆菌病。约95%的患者无临床症状或有自限性，发病的严重程度与直接感染和吸入量有关。除人类可感染外，犬、鼠也可感染。多见于温带和热带地区，亚洲以泰国最多见，部分地区有流行的可能。此菌所致深部真菌病多为外源性的，但也有内源性的。根据临床症状及预后的不同，可分以下五型：原发性组织胞浆菌病、局限性皮肤黏膜组织胞浆菌病、播散性组织胞浆菌病、再感染组织胞浆菌病、流行性组织胞浆菌病。
申克孢子丝菌(sporotrix schenckii)
申克孢子丝菌呈世界性分布，国内分布也很广泛。本菌在自然环境中主要存在于植物表面，易从皮肤损伤的局部侵入，多因接触芦苇、草原、木材等造纸原料或腐烂植物而感染。可引起皮肤、皮下发生慢性结节或溃疡为特点的真菌病，病原菌也可侵入肺部和脑脊液。感染后局部形成急性或慢性肉芽肿样疾病，临床上可分为以下几种类型：皮肤型（淋巴管炎型、固定型、黏膜型、血源型），非皮肤型（病变发生在骨、眼等处），一般不侵犯肺及中枢神经系统。
要根据菌落的形态及镜下结构。
青霉菌属(Pen．cillium)和曲霉菌属(Aspergillus)
1．此类菌是实验室最常见的污染菌，少数是致病菌（如马尔菲尼青霉菌），有一些是条件致病菌。因此，临床上分离出此类真菌，在确定其临床意义时应多方面考虑。
2．青霉菌常继发于白血病、淋巴瘤等，可引起呼吸道及肺部感染，青霉菌可在肺组织内形成分枝、分隔菌丝，呈放射状生长，能侵犯血管引起栓塞或出血症状。青霉菌也可因变态反应引起过敏性鼻炎及哮喘。许多种青霉菌还可产生真菌毒素，引起人和动物的真菌中毒症。马尔菲尼青霉菌(P.mameffei)是其中唯一已知的人和动物致病菌（见双相真菌部分）。
3．曲霉菌广泛地分布于自然界，属条件致病菌，引起的疾病统称为曲霉菌病。目前，在免疫力低下患者的条件性系统性真菌感染中，发病率仅次于念珠菌，其中又以烟曲霉菌最为常见，是肺曲霉菌的主要病原菌。在宫颈癌高发县徽县，从**分泌物中分离出曲霉菌。曲霉菌引起的疾病主要有直接感染、变态反应、曲霉菌毒素中毒等。根据感染途径、临床表现的不同，曲霉菌病有多种形式，如眼曲霉菌病、过敏性支气管曲霉菌病、侵袭性曲霉菌病、系统性曲霉菌病等。黄曲霉菌、寄生曲霉菌、杂色曲霉菌等可产生毒素，可致癌（如黄曲霉毒素B1可致肝癌、肺癌），或可引起中毒性白细胞减少症等。
接合菌(Zygomycota)
接合菌是真菌中的一个门，种类众多，引起的疾病统称为接合 菌病，主要由其中的毛霉科的毛霉(Mucor)、根霉(Rhizpus)、犁头 霉(Absidia)引起。
毛霉菌属(or)是毛霉菌目，毛霉菌科中最大的一个属，广泛存在于自然界中，常引起食物的霉坏，是人类接合菌病的条件致病菌。对于有慢性消耗性疾病如糖尿病、淋巴瘤、白血病或器官移植期应用化疗、激素、抗生素、免疫抑制剂等药物治疗的患者有较大的侵袭力。临床常见的是眼眶及中枢神经系统的毛霉菌病，也可见到肺部、胃肠道、皮肤黏膜及全身播散性毛霉菌病。根据侵犯人体的部位不同分为5型：脑型（或称鼻脑型）、皮肤型、肺型、胃肠型、全身型。很容易引起死亡，应予高度重视。根霉菌属容易侵入鼻黏膜及其下面的组织，引起局部蜂窝组织炎改变，易侵犯血管，引起栓塞。可侵入脑组织中，引起脑的病变。
暗色孢科(Dematiaceae)
1．暗色真菌(Dematiaceous fungi》为一组真菌，因其在培养基上能产生黑色素形成暗色菌落而得名。暗色真菌通常通过伤口进入皮肤，其临床致病特征为形成疣状结节、斑块、溃疡，发展缓慢，最后形成明显的**瘤状赘生损害，患者很少感到疼痛。较典型的两个特征是：皮损边缘清楚；周围由于自身接种可有卫星损害。病变通常局限于一侧肢体的某个部位，但随病变发展最后可侵及整个肢体，也可经淋巴和血行播散至其他部位。
2．本病主要集中在热带地区，但在世界范围内都有散发。我国目前仅发现裴氏着色真菌、皮炎瓶真菌、疣状瓶真菌和甄氏外瓶真菌等能引起人体暗色真菌感染症。裴氏着色真菌和紧密着色真菌可引起皮肤着色真菌病。临床上以疣状或**瘤状病损为主要特征。本病常可从淋巴播散，极少数血行播散至脑。转变为系统性暗色丝孢霉病。疣状瓶真菌可以从树皮土壤等处分离出来，并已证明是致病菌，可能是通过皮肤外伤或微小伤口进入体内引起感染。引起人的皮肤着色真菌病也有引起血行播散的报道，但极罕见。甄氏外瓶真菌可以引起皮下组织暗色丝孢真菌病，也常引起足菌肿，偶可引起角膜炎。卡氏枝孢菌能引起皮肤着色真菌病，也可引起皮下组织暗色丝孢真菌病。
镰刀菌属(Fusariunl)
镰刀菌属是常见的污染粮食和饲料的真菌，在一定的环境条件下能产生毒素，可引起人和家畜中毒。镰刀菌可因外伤引起角膜真菌病、真菌肉芽肿如足菌肿、甲真菌病或创伤感染。最近，在免疫力低下的病人中，镰刀菌感染逐渐增多，深部感染及系统性感染都可发生。
球孢子菌属
本属只有一个种即粗球孢子菌与临床疾病有关（见双相真菌部分）o球孢子菌病是由粗球孢子菌所引起的全身性最富于感染性的深部真菌病。
双相真菌
马尔菲尼青霉菌(Penicillium.marneffei)
是青霉菌属中唯一的双相型真菌。25℃时培养呈青霉相，37℃时呈酵母相。感染人类可引起皮肤结节、皮下脓肿及周围淋巴结肿大。该菌引起的深部真菌病可累及多个系统，常见于青壮年，起病急，病情凶险，不及时治疗预后不良。我国多发于广西地区。随着免疫抑制患者的增多及交往的增加，其他地区也有散发的可能。
粗球孢子菌(Coccidioides immitis)
在土壤及28℃培养时呈丝状菌落，在动物组织及37℃体外生长时则呈生孢子的圆形菌体。可引起人和动物的原发性皮肤感染，以及继发肺、脑膜、皮肤、脾脏、骨骼、肌肉、肾上腺、肾脏和生殖器等感染，多发于北美地区。生活在流行区的人，大多数会被感染，表现为原发性球孢子菌病，多为急性、良性、自限性的呼吸器官疾病，有自愈倾向。但少数可发展为进行性球孢子菌病，此时，则成为慢性、恶性、播散性球孢子菌病，可以侵袭皮肤、内脏和骨骼，严重者可以致命。
荚膜组织胞浆菌(Histoplastum)
又称小孢子型组织胞浆菌。本菌在寄生时呈圆形小体，周围有一层荚膜。这种小体常存在于网状内皮组织内。此菌可引起深部真菌病，主要侵犯网状内皮系统和淋巴系统，但也侵犯皮肤和黏膜，以及其他内脏和肺等器官，为慢性肉芽肿性感染，称为组织胞浆菌病。约95%的患者无临床症状或有自限性，发病的严重程度与直接感染和吸入量有关。除人类可感染外，犬、鼠也可感染。多见于温带和热带地区，亚洲以泰国最多见，部分地区有流行的可能。此菌所致深部真菌病多为外源性的，但也有内源性的。根据临床症状及预后的不同，可分以下五型：原发性组织胞浆菌病、局限性皮肤黏膜组织胞浆菌病、播散性组织胞浆菌病、再感染组织胞浆菌病、流行性组织胞浆菌病。
申克孢子丝菌(sporotrix schenckii)
申克孢子丝菌呈世界性分布，国内分布也很广泛。本菌在自然环境中主要存在于植物表面，易从皮肤损伤的局部侵入，多因接触芦苇、草原、木材等造纸原料或腐烂植物而感染。可引起皮肤、皮下发生慢性结节或溃疡为特点的真菌病，病原菌也可侵入肺部和脑脊液。感染后局部形成急性或慢性肉芽肿样疾病，临床上可分为以下几种类型：皮肤型（淋巴管炎型、固定型、黏膜型、血源型），非皮肤型（病变发生在骨、眼等处），一般不侵犯肺及中枢神经系统。